秸秆类：常见的原有玉米秸秆、小麦秸秆、豆秸秆、水稻秸秆。含有高的纤维素和木质素等大分子物质，氮磷钾等养分含量较低（除豆科类），单独用这类物料做有机肥的罕见，一般用来增加发酵物料的有机质，调节碳氮比。这类原料比较丰富，价格低廉，但因这些物料多存在农业从事散户手中，大面积收购比较困难，且季节性较强，全年生产需提前备货。
粕类：有豆粕、棉粕、蓖麻粕、花椒粕、花生粕等多为农产品加工产业的下脚料，多为辅料。粕类为原料的有机肥可称得上为高端有机肥，因其多为饲料级，原料成本较高，发酵腐熟不宜控制。
菌糠：俗称蘑菇渣、菌包，有金针菇渣、平菇渣、杏鲍菇渣等，原料多为酒糟、玉米芯、稻壳粉、麦麸、豆粕及配一些营养元素，菌糠有机质高、富含菌体蛋白、维生素、微量元素及生长素，做有机肥在肥力效果较好。
常见动物源性有机肥原料
动物粪便：羊粪、猪粪、牛粪等都是比较好的有机肥原料。有机质含量高，但由于纤维含量少不易分解。使用时要经过充分腐熟发酵，高温杀灭病虫卵、菌和杂草种子。
动物加工废弃物：加工废弃物，甚至是养殖废弃物等也能成为有机肥的原料。通常采用的是无公害生物降解法。
以上有机肥原料经过一定的加工工艺，消除其中的有害物质达到无害化标准而形成市面上销售的成品颗粒状有机肥。商品有机肥的生产步骤如下：
1、每吨原料配比
牛粪500公斤+鸭粪300公斤+菌渣200公斤+RW菌剂100克。（牛粪、鸭粪可用别的畜禽粪便代替）
2、条堆
按以上原料配比根据需要进行条堆，条堆长度不限，宽度2米，高度1米。在条堆时需要把物料逐层均匀进行堆放。
3、添加菌剂
将菌剂用菌渣按1：5的比例扩大体积，混合均匀后根据条堆数量撒到条堆表面。
4、搅拌发酵
用有机肥搅拌机将条堆搅拌均匀，温度升到60度以上后，每间隔4~5天使用有机肥翻抛机翻堆一次，60度以上发酵15天后将条堆收起即可。
5、分筛加工
按以上步骤进行发酵后经过分筛和深加工后即成为纯有机肥。
6、造粒
将发酵好的纯有机肥进行造粒。根据不同的原料来选择有机肥造粒机。
7、烘干、冷却、包装
刚造好的颗粒水分含量比较大，需要将水分烘干至有机肥标准20%以下，将烘干的颗粒有机肥经过冷却机降温后直接进行包装。
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